Beberapa peraturan pemerintah dan peraturan menteri agama yang berkaitan dengan Kementerian Agama, antara lain:
- Peraturan Pemerintah Nomor 53 Tahun 2010 tentang Disiplin PNS
- Peraturan Pemerintah Nomor 55 Tahun 2007 tentang Pendidikan Agama dan Pendidikan Keagamaan
- Peraturan Pemerintah Nomor 74 Tahun 2008 tentang Guru
- Peraturan Pemerintah Nomor 17 Tahun 2010 tentang Pengelolaan dan Penyelenggaraan Pendidikan
- Peraturan Pemerintah Nomor 11 Tahun 2017 tentang Manajemen Pegawai Negeri Sipil
- Peraturan Pemerintah Nomor 17 Tahun 2020 tentang Perubahan atas Peraturan Pemerintah Nomor 11 Tahun 2017 tentang Manajemen Pegawai Negeri Sipil
- Peraturan Menteri Agama Nomor 90 Tahun 2013 tentang Penyelenggaraan Pendidikan Madrasah
- Peraturan Menteri Agama Nomor 10 Tahun 2024 tentang Perubahan atas Peraturan Menteri Agama Nomor 30 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Universitas Islam Negeri Datokarama Palu
- Peraturan Menteri Agama Nomor 4 Tahun 2024 tentang Perubahan Kedua atas Peraturan Menteri Agama Nomor 68 Tahun 2015 tentang Pegangkatan dan Pemberhentian Rektor/Ketua Perguruan Tinggi Keagamaan yang Diselenggarakan oleh Pemerintah