Kementerian Agama berdiri pada 3 Januari 1946, sekitar lima bulan setelah Proklamasi Kemerdekaan, sebagai perwujudan nilai-nilai Pancasila dan UUD 1945. Sejak awal, agama menjadi bagian penting dari sistem kenegaraan Indonesia.

Berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 83 Tahun 2015, untuk melaksanakan tugas dan fungsi di daerah, dibentuk Kantor Wilayah Kementerian Agama di provinsi serta Kantor Kementerian Agama Kabupaten/Kota. Kantor Kementerian Agama Kota Madiun merupakan instansi vertikal yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Kanwil Kemenag Provinsi Jawa Timur.

Kemenag Kota Madiun memiliki tugas menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang agama untuk membantu Presiden dalam melaksanakan pemerintahan negara di wilayah Kota Madiun. Tugas ini mencakup peningkatan kualitas pelayanan publik, pembinaan keagamaan, serta penguatan kerukunan antarumat beragama.

Dalam menghadapi tantangan globalisasi dan perubahan moral bangsa, Kemenag turut mendukung program Revolusi Mental yang menekankan pentingnya pendidikan karakter melalui pendidikan agama. Sesuai UU Nomor 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional dan PP Nomor 55 Tahun 2007, pendidikan agama diberikan di seluruh jenjang pendidikan untuk memperkuat nilai moral dan kehidupan berbangsa yang harmonis.

Sebagai kota dengan mayoritas penduduk beragama Islam, Kemenag Kota Madiun melalui Seksi Pendidikan Agama Islam melaksanakan pembinaan, pelayanan, dan pengelolaan sistem informasi pendidikan agama Islam di berbagai satuan pendidikan, mulai dari PAUD hingga SMA/SMK.

Selain itu, Kemenag juga membina 53 Pondok Pesantren yang terdaftar di Seksi Pendidikan Diniyah dan Pondok Pesantren. Pesantren memiliki peran penting dalam pembentukan karakter dan pendidikan keagamaan, serta menjadi bagian dari sistem pendidikan nasional.

Kota Madiun memiliki jaringan madrasah yang cukup luas, terdiri atas 5 Madrasah Negeri—2 Madrasah Aliyah Negeri (MAN), 1 Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN), dan 2 Madrasah Ibtidaiyah Negeri (MIN)—serta 20 Madrasah Swasta yang meliputi 3 Madrasah Aliyah, 3 Madrasah Tsanawiyah, dan 14 Madrasah Ibtidaiyah.