Untuk menjalankan tugas dan fungsinya Kantor Kementerian Agama Kota Madiun didukung oleh 341 orang pegawai yang tersebar pada Unit Kerja di Kantor Kementerian Agama Kota Madiun, 3 Kantor Urusan Agama, 5 Madrasah Negeri dan 27 Madrasah Swasta/RA. Dengan cakupan wilayah yang cukup luas dan keterbatasan tenaga pelayanan, Kantor Kementerian Agama Kota Madiun berusaha menempatkan pegawai sesuai dengan kualifikasi dan kompetensi di bidangnya. Pegawai di lingkungan Kantor Kementerian Agama Kota Madiun dapat dikualifikasikan berdasarkan jenis kelamin, pangkat golongan/ruang, eselon, pendidikan, dan usianya.
