Berikut ini adalah Struktur Organisasi Kantor Kementerian Agama Kota Madiun sesuai dengan Keputusan Menteri Agama Nomor 373 Tahun 2002 telah berubah sesuai dengan Peraturan Menteri Agama No. 19 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementrian Agama:
Susunan orgnisasi Kantor Kementerian Agama Kota Madiun sebagaimana tersebut di atas membawahi 3 Kantor Urusan Agama dan 5 Satuan Kerja Madrasah Negeri. Kantor Urusan Agama di lingkungan Kantor Kementerian Agama Kota Madiun terdiri dari Kantor Urusan Agama Kecamatan Manguharjo, Kecamatan Kartoharjo dan Kecamatan Taman. Adapun Satuan Kerja di lingkungan Kantor Kementerian Agama Kota Madiun antara lain MAN 1 Kota Madiun; MAN 2 Kota Madiun; MTsN Kota Madiun; MIN 1 Kota Madiun dan MIN 2 Kota Madiun.