Pelaksanaan tugas dan fungsi Kantor Kementerian Agama Kota Madiun selanjutnya diimplementasikan melalui susunan organisasi Kantor Kementerian Agama Kota Madiun yang mencerminkan tugas dan fungsi dari masing-masing unit satuan kerja. Sumber  daya  manusia  aparatur  merupakan  bagian  dari  administrasi  publik  yang  berperan sangat  strategis  dan  kritikal  dalam  pencapaian  target-target  pembangunan di bidang agama dan pendidikan di Kantor Kementerian Agama Kota Madiun. Kondisi ideal yang diharapkan dari SDM aparatur Kantor Kementerian Agama Kota Madiun adalah; mempunyai integritas; professional; inovatif; bertanggungjawab; dan dapat memberi teladan yang baik. Kondisi ideal tersebut merupakan implementasi dari Budaya Kerja yang ditetapkan oleh Kementerian Agama RI yang lahir untuk mengembalikan citra dan kepercayaan Kementerian Agama dimata publik dengan dibuktikan dengan kinerja yang baik. Maka upaya pelayanan kepada publik berbasis akuntabilitas dan transparansi harus didukung oleh pelayanan yag ikhlas dari seluruh pegawainya.